Les Sous-Directions sont :
- la Sous-Direction de l’Administration Générale ;
- la Sous-Direction de la Réglementation, de la Fiscalité et des Relations Internationales ;
- la Sous-Direction des Enquêtes Douanières ;

Le Directeur Général nommé par décret pris en conseil des Ministre est assisté d’un adjoint nommé par arrêté du ministre de tutelle sur proposition du Directeur Général sous l’autorité du Ministère de l’Economie et des Finances est chargé :
- d’élaborer les grandes orientations des activités de son service
- de programmer, diriger, coordonner et contrôler leur exécution.
La représentation des douanes du Mali au port d’Abidjan et au port de Dakar constituent les services extérieurs de la Direction Générale des Douanes, du Mali.

Elle est représentée :
- au niveau régional par les Directions Régionales des Douanes,
- au niveau sub-régional par les Bureaux et Brigades de Douanes

La Sous-Direction de l’Administration Générale (SD-AG)

Constituée de deux divisions, la Division Formation, Perfectionnement et Documentation et la Division des Services Généraux, elle est chargée de :
- gérer le personnel mis à la disposition ;
- préparer le projet de budget de fonctionnement et d’équipement du service ;
- assurer les services généraux ;
- gérer une régie d’avances spéciales ;
- tenir les statistiques des affaires contentieuses ;
- assurer le service du courrier ;
- élaborer une stratégie de communication et de relations publiques ;
- assurer la conservation des archives du service ;
- assurer la formation professionnelle des agents.

La Sous-Direction de la Réglementation, de la Fiscalité et des Relations Internationales (SD-RFRI)

Constituée de deux divisions, la Division de la Réglementation, de la Fiscalité et du Contentieux et la Division des Relations Internationales, la RFRI est chargée de :

- élaborer la réglementation douanière et fiscale ;
- gérer les relations douanières internationales ;
- suivre les affaires contentieuses.

La Sous-Direction des Recettes et des Etudes (SD-RE)

La Sous-Direction des Recettes et Etudes est composée de la division de la comptabilité des recettes et études, de la division des valeurs et de la division compensations financières.

Elle est chargée de :
- élaborer le programme d’action du service, en matière de liquidation et de recouvrement des droits et taxes et veiller à sa mise en oeuvre ;
- tenir la comptabilité des recettes douanières ;
- évaluer l’incidence financière des préférences tarifaires instituées entre le Mali et les pays étrangers ;
- mener des études en matière de prévisions des recettes douanières.

La Sous-Direction des Enquêtes Douanières (SD-ED)

La SD-ED est également constituée de deux divisions : la Division de la Vérification et la Division des Recherches et des Interventions.

Elle est chargée de :
- rechercher, constater et poursuivre les infractions douanières et celles relatives à la réglementation des changes ;
- contrôler les écritures comptables des redevables ;
- contrôler à posteriori les opérations de dédouanement notamment en matière d’exonérations douanières ;
- centraliser et d’exploiter toutes les données relatives à la fraude douanière et mener les études y afférentes.

Les Sous-Directions ont rang hiérarchique de Direction Nationale et les Divisions, de Section de Direction Nationale.

Le Bureau de Contrôle Interne (BCI)

Il a la tâche d’analyser et de faire des prospectives. Il veille à ce que tous les agent accomplissement leurs fonction.

Sous l’autorité d’un chef de bureau, il est composé d’agents portant le titre de contrôleurs internes. Ils sont nommés par arrêté ministériel.

Pour se faire le Bureau de Contrôle Interne à la change de :
- vérifier et contrôler le fonctionnement des structures et l’exécution des missions du service ;
- formuler toutes propositions visant à améliorer l’organisation et le rendement du service ;
- assurer le suivi et l’évaluation des reformes mises en oeuvre ;
- faire des études prospectives en matière d’organisation et de fonctionnement du service.

Le Centre Informatique et Statistique (CIS)

Comme sont nom l’indique, il s’occupe de tâches techniques et doit devenir plus performant.

Sous l’autorité d’un chef de centre nommé aussi par arrêté ministériel, le centre informatique est chargé de :
- élaborer et de mettre en œuvre les programmes informatiques répondant aux besoins des autres structures du service;
- collecter, saisir et traiter les données statistiques ;
- produire les statistiques douanières et toutes informations relatives aux bases de données.

Sous l’autorité du Directeur Général, les Sous Directeurs, le Chef du Bureau de Contrôle Interne et le Chef du Centre Informatique préparent et élaborent les études techniques, les programmes d’action concernant les matières relevant de leur secteur d’activité. Il évalue périodiquement les chefs de Division fournissent les informations indépendantes à l’élaboration des études et programmes d’action.

Les Sous Directeurs coordonnent et contrôle de la Direction Général s’exerce les services extérieurs, les services régionaux et sub-régionaux chargés de mise en œuvre de la politique nationale en matières de réglementation douanière.

A ceux ci s’ajoutent les bureaux spécialisés (BEMEX, BRE, BCA, BNPP)

Les Directions Régionales et Sub-Régionales

L’article 1er du décret N°95-063/P-RM du 15 février 1995 stipule qu’il est crée dans chacune des régions administratives et au niveau du district de Bamako des services régionaux dénommés
Direction Régionale des Douanes.

L ‘article 4 du même décret stipule également qu’il est crée au niveau sub-régional :
- des bureaux de douane ;
- des brigades de douane ;
- des postes de douane.

Par ailleurs l’Arrêté n° 95- 1330/MFC-SG fixant l'organisation et les modalités de fonctionnement des directions régionales, des bureaux, des brigades et des postes de douanes, détermine leur fonctionnement :

Les bureaux de douane

Les Bureaux de douanes comprennent :
- Les Bureaux principaux de douane
- Les Bureaux secondaires de douane
- Les Bureaux spécialisés

Chaque bureau de douane dispose d'une brigade commerciale dirigée par un chef de brigade nommé par décision du Directeur Général des douanes.

Sous l'autorité du chef de bureau, la brigade commerciale assure :
- La prise en charge et l'ECOR des marchandises
- Le contrôle des voyageurs et des moyens de transport
- Surveillance des magasins et aires de dédouanement
- Le contrôle des enlèvements
- Recherche, constatation, répression des infractions douanières.

Les Postes de douanes

- Postes gérant une recette ouverte aux opérations de dédouanement à caractère essentiellement touristique et dont la valeur à l'importation et à l'exportation ne dépasse pas 250.000 F.

- Postes de surveillance sont des implantations avancées des BMI qui ont pour tâche de s'opposer aux importations et exportations frauduleuses et d’obliger les transporteurs des marchandises à se présenter au bureau de douane pour y accomplir les formalités requises et enfin d’apporter leur concours au service de bureaux.

Services extérieurs

- Représentation des douanes du Mali au port de Dakar au Sénégal
- Représentation des douanes du Mali au port d'Abidjan en Côte d'Ivoire

Ils sont constitués de :
- une section manifeste et transbordement ;
- une section acquit à caution ;
- une section brigade ;
- un secrétariat.