1.Mission fiscale :
Le service des douanes est chargé de la collecte et de la perception de tous les droits et taxes relatifs à l’importation et à l’exportation des marchandises. A cet effet, la douane contribue à l’alimentation du budget de l’état à concurrence de 45 à 50 % des recettes fiscales de l’état. Ce rôle primaire à toujours prévalu sur les autres, en ce sens que les citoyens ne voient en la douane qu’un pourvoyeur de recettes pour le compte du trésor public.

2.Mission économique :
Considérant l’évolution de l’économie mondiale, du commerce international et de la coopération sous- régionale et internationale, l’Etat a été amené à adopter des politiques douanières adéquates. Par rapport à cette mission économique, l’état joue un rôle d’entraînement de l’économie nationale. C’est ainsi qu’à partir de la manipulation des taux des droits de douane, les pouvoirs publics peuvent favoriser la promotion du commerce international. Ainsi, l’administration des douanes, sous l’impulsion de l’autorité financière, va stimuler les unités industrielles nationales, accroître la production nationale, protéger et réguler l’économie nationale.

L’administration des douanes demeure un instrument essentiel dans l’intégration économique entre les ensembles sous- régionaux et entre l’Afrique et le reste du monde. Les politiques douanières permettent aux Etats membres d’une union douanière de faciliter leurs échanges commerciaux intercommunautaires, par l’institution d’une taxation préférentielle de leurs produits locaux.

La douane a également pour mission, l’établissement des statistiques du commerce extérieur, en vue d’apporter des informations et faire des prévisions indispensables aux opérateurs économiques, aux unités industrielles, aux organisations nationales et internationales, aux administrations publiques aux institutions financières et autres.

3.Mission particulière :
En raison de l’implantation des structures de la douane sur l’étendue du territoire national, les pouvoirs publics ont confiés à l’administration des douanes, un rôle prépondérant dans la protection de certains secteurs de l’état en collaboration ou au compte d’autres administration.

a)Protection de la santé publique- Lutte contre les stupéfiants :
- Contrôle des produits pharmaceutiques.

b)Protection du consommateur- Lutte contre les contrefaçons :
- Contrôle des produits périmés ;

c)Protection de l’environnement :
- Contrôle de commerce international des espèces sauvages, de la faune et de la flore menacées d’extinction ;

d) Protection du Patrimoine culturel :
- Lutte contre l’exploitation frauduleuse des œuvres d’arts.